Après que son vaisseau se soit écrasé, Taylor découvre que la planète sur laquelle il est est dominée par les singes et où les humains sont emprisonnés.
Alors que les singes vivent en paix dans leur village, le gorille Aldo veut exterminer les humains et aller contre César. De leur côté, les humains se préparent pour la guerre.
Afin de sauver son père, Will créé un remède qui développe les facultés cognitives. Le chimpanzé César en bénéficie et se met à devenir de plus en plus intelligent tout en essayant de trouver où est sa place.
Dix ans après l'apparition de la grippe simienne, les singes vivent en paix dans leur village. L'arrivée d'humains va raviver les tensions et en faire naître au sein des singes.
Les singes ont conquis la planète tandis que les humains ont régressé à l'étage sauvage. Proximus César cherche à étendre sa domination alors que Noa s'interroge sur leurs origines et sur les humains lorsqu'il fait la rencontre de Nova, une jeune femme.