Jason Bourne est sauvé en mer mais il est devenu amnésique. Il cherche à découvrir qui il est alors qu'il est traqué par des assassins. Malgré sa perte d'identité, il n'a pas oublier ses aptitudes à se défendre et se rend à l'évidence : il est aussi un assassin.

Marie se fait tuer. Jason Bourne sort de l'ombre et cherche à se venger. Il apprend aussi qu'il est accusé d'un meurtre qu'il n'a jamais commis. La CIA se met à le traquer mais la mémoire de Bourne commence à revenir.

Jason Bourne veut remonter à la source de ceux qui sont responsables de la mort de Marie. Il veut mettre un terme à l'opération une fois pour toute.

Le projet Treadstone n'était qu'une face cachée de l'iceberg. Le programme doit être effacé et éliminer tous les agents. Aaron Cross s'en réchappe et a besoin d'un traitement pour tenir le coup.

Jason Bourne a trouvé un refuge. Il est retrouvé par Nicky, après avoir hacké la CIA, qui demande son aide car un nouveau programme est mis en place. Bourne découvre ainsi un secret de son passé.