Edwards est un policier qui vit une rencontre alien. Il est recruté par K afin d'intégrer les Men in black, une agence gérant les extraterrestres qui viennent sur Terre.
L'alien Boris s'évade de sa prison et veut se venger de K. Il remonte dans le temps pour changer le cours de l'histoire. J doit donc repartir également dans le passé et s'associer à une version plus jeune de K.
