Après avoir perdu ses anneaux magiques, Sonic fait appel à Tom, un policier, pour aller à San Francisco les retrouver. Mais ils vont être poursuivis par le redoutable Docteur Robotnik.
Docteur Robotnik est de retour et compte bien se venger de Sonic. Il sera aidé par Knuckles afin de retrouver une émeraude qui procure de grands pouvoirs. Sonic, accompagné de Tails, va tout faire pour les contrer.
Shadow s'est évadé et veut se venger. Sonic, Knuckles et Tails vont devoir affronter cette menace si redoutable qu'ils vont devoir demander de l'aide à leur redoutable ennemi : Robotnik.
