Mission : Impossible est une organisation secrète qui effectue des missions que personne ne reconnaitra. Après l'assassinat de toute son équipe, Ethan Hunt, accusé à tort par son agence, cherche à retrouver le commanditaire.
Ethan Hunt a pour mission de récupérer un virus mortel auprès de Sean, un ancien collègue renégat. Il va devoir s'associer avec une cambrioleuse, l'ex de Sean.
Devenu formateur pour l'agence et fraîchement fiancé, Ethan Hunt doit repartir sur le terrain sauver une de ses élèves. Il trouve face à lui Owen Davian qui veut mettre la main sur "la patte de lapin".
Après un attentat sur le Kremlin pour couvrir le vol de code nucléaire, l'agence Mission Impossible est jugée responsable et désavouée. Ethan Hunt et son équipe recherchent les codes sans infrastructure pour les aider et étant traqués par la police russe.
La FMI est dissoute et Ethan Hunt est traqué par la CIA. Il cherche à découvrir qui est le Syndicat, une organisation dissidente responsable de plusieurs assassinats de hauts dignitaires.
Les Apôtres sont une nouvelle organisation terroriste dérivée du Syndicat à la recherche de plutonium. Ethan Hunt a pour nouvelle mission de les traquer. Il a pour équipier un agent de la CIA qui a pour rôle de le surveiller car le gouvernement doute de sa loyauté.
Ethan Hunt et son équipe traquent une nouvelle arme dangereuse et ils font face à un mystérieux ennemi. Ethan va devoir faire des choix qui peuvent menacer son entourage.
