En 2285, Kirk et son équipage doivent arrêter Khan qui cherche à mettre la main sur le programme Genesis qui permet de former la vie sur des planètes inhabitables mais aussi de la reprendre.
L'Enterprise est retiré de Starfleet. En apprenant que Spock a peut-être survécu et se trouve sur Genesis, Kirk réunit son équipage, reprend son vaisseau et part le sauver.
La Terre est menacée par une sonde émettant un son mystérieux. Kirk et son équipage se rendent sur place. Afin de régler le problème, ils vont devoir voyager dans le temps et aller en 1986.
Kirk et son vaisseau Enterprise répondent à un appel de détresse pour délivrer trois ambassadeurs capturé par Sybok. Ce dernier veut se rendre au centre de la galaxie pour trouver un Être Suprême.
En 2293, les Klingons contactent Starfleet pour un accord de paix. Kirk et son équipage font parties des négociations. Lorsque l'Enterprise attaque le vaisseau sans raison, Kirk et McCoy sont fait prisonniers tandis que Spock cherche à trouver le responsable. Un traître se cache dans le vaisseau.
En 2371, le Capitaine Picard du vaisseau Enterprise doit arrêter les agissements de Tolian Soran qui veut détruire un système stellaire avec un nouveau dispositif.
Les Borgs ont voyagé dans le passé pour que la Terre n'évolue pas sur le plan technologique. Picard et son équipage remontent dans le temps en 2063 afin de permettre le premier contact entre l'humanité et les aliens et restaurer le cours du temps.
L'Enterprise se rend sur une planète où Data agit violemment. Sur place, Picard et son équipage découvre une source de rajeunissement qu'un Amiral de la Fédération convoite, quitte à bafouer le règlement.
L'Enterprise est invité sur Romulus pour un traité de paix avec les Romuliens menés par leur nouveau chef Shinzon. Picard est méfiant et découvre que le traité cache un autre objectif.
James Kirk et Spock, deux officiers qui ne se supportent pas, sont intégrés à l'Entreprise, le nouveau vaisseau de Starfleet. Ils vont devoir apprendre à se connaître pour contrer Nero, un Romulien qui mène une quête de vengeance.
Starfleet subit de lourdes pertes à cause du terroriste John Harisson. Kirk et son équipage le traque en territoire Klingon mais cette décision divise l'équipage.
Kirk et son équipage se rendent en territoire inconnue pour une mission de sauvetage. Ils se retrouvent piégés, l'Enterprise est détruit et chaque membre se trouve séparé sur une planète où règne une espèce menaçante.
